本发明属于基因工程菌杀虫剂安全应用领域，公开了一种苏云金杆芽孢杆菌（Bacillus thuringiensis,简称Bt）基因工程菌的处理方法及其用该方法获得的产品。该方法是采用Co60或Cs137γ-射线处理苏云金芽孢杆菌基因工程菌及其制剂，辐射剂量为14~21KGY,由此处理后的Bt基因工程菌及其制剂不含有活性的芽孢，而含有活性杀虫晶体蛋白等杀虫成分。本发明处理后的Bt工程菌制剂，在充分利用其杀虫晶体蛋白杀虫活性的同时，不存在活菌，因而在环境中释放时不会带来生物安全方面的问题。经过适量辐射处理Bt工程菌制剂的方法简单易行，在完全杀死芽孢的同时，辐射处理前后杀虫毒力无显著差异。