本发明公开了一种总线型运动控制器对制袋机的控制系统及其控制方法，该控制系统引入多个虚轴，包括外部编码器虚轴、内部虚轴，通过齿轮指令、旋切指令将虚轴与虚轴、虚轴与实轴之间关联起来，使得多个实轴输出真正达到同步关联。本发明通过总线型运动控制器的飞剪、位置捕获/修正、原点回归、虚轴等功能实现制袋机高效而精准的设备运行性能，实现复杂的多轴联动，并建立多轴关联，自动位置修正，以达到满足制袋机设备高端工艺要求的目的，且提高系统抗干扰能力。