本发明公开了具有肉桂醇脱氢酶活性的蛋白及其编码基因与应用。本发明所提供的具有肉桂醇脱氢酶活性的蛋白，是如下a)或b)的蛋白质：a)由序列表中序列2所示的氨基酸序列组成的蛋白质；b)将序列表中序列2所示的氨基酸序列经过一个或几个氨基酸残基的取代和/或缺失和/或添加且具有肉桂醇脱氢酶活性的由a)衍生的蛋白质。本发明所提供的具有肉桂醇脱氢酶活性的蛋白，在体外酶促反应体系中，除了能高效催化松柏醛、芥子醛和香叶醛向其醇的形式转化之外，还能催化青蒿素生物合成的前体青蒿醛向青蒿醇的转化，而后者可以应用于从分子水平对青蒿素生物合成代谢过程进行调控，从而为生产高产青蒿素株系奠定基础。