本发明公开了一种高含盐制药废水的处理系统，本发明对盐分耐受的范围是总盐分小于5％，一般维持在3％以内。本发明采用“催化微电解+双氧水催化氧化+光合菌厌氧系统+光合菌好氧系统+混凝脱色池”处理工艺，最大限度的削减COD、BOD、氨氮和色度，并且处理效果不受盐分的影响。出水达到纳管排放标准。本发明能有效处理各种盐分的高含盐制药废水，避免了常规处理使用的稀释或者蒸发(焚烧)处理工艺的弊端，降低了总排污染物量。本发明运行稳定性强、投资成本低、处理效率高、运行费用低，是具有发展潜力的高含盐制药废水处理系统。