本发明涉及多糖领域，具体为一种基于微波化学的高等植物或食(药)用真菌类中活性多糖的高效提取方法，即：采用微波化学手段对常见高等植物的花、叶子、果实、种子、皮、根茎类原料以及常见食(药)用真菌类子实体或菌丝体进行处理，再采取水提醇沉工艺获得活性多糖的过程。本发明不仅能有效克服常规加热条件下有机酸处理上述原料过程中有机酸用量大、酸回收难度大等工艺难题，还能显著强化有机酸处理中的相关化学反应，促进多糖与植物细胞或真菌中大分子物质之间的脱离，增强有机酸对大分子多糖的选择性降解。本发明具有处理速率快、多糖收率高、多糖可控降解能力强、有机酸用量少且易高效回收、耗水量小、能耗低等显著优势。