本发明适用于计算机软件领域，提供一种应用系统的数据查询控制方法及系统，所述方法包括下述步骤：客户端接收用户的数据查询请求，将所述数据查询请求发送给服务端，所述数据查询请求中携带有用户的身份标识信息；服务端根据所述数据查询请求中携带的身份标识信息，获取对应的数据查询权限信息，根据所述数据查询权限信息对用户请求查询的数据中的单元数据进行权限控制处理；服务端将用户请求查询的数据传送给客户端；客户端对服务端返回的数据进行输出处理。本发明实施例针对数据中的单元数据配置用户查询权限，实现了更细粒度的数据权限控制，使得数据的安全性更有保障。