本发明属于饲用微生态技术领域，涉及一种复合微生态制剂及其在饲料添加剂中的应用和预混料。该制剂含有嗜酸乳杆菌菌粉及地衣芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、粪肠球菌、枯草芽孢杆菌四种菌中的任二种、三种或四种的菌粉，制剂中的活菌含量高、水分含量低，具有耐胃酸、耐胆盐、耐高温及耐受常用抗生素等抗逆性能和产酸、产酶及抑制病原菌等益生功能。本发明的复合微生态制剂能够提高饲料利用率，增加肉蛋奶等产量，促进动物生长，提高动物机体免疫力和抗病能力，部分替代抗生素，从而改变动物产品的品质。