本发明公开了一种锗硅异质结三极管器件结构，包括：P型衬底、隔离区、集电区、基区和发射区，所述集电区和隔离区并列在P型衬底上方，所述集电区、基区和发射区自所述P型衬底由下至上依次排列，所述基区具有依次排列的缓冲区、锗硅区和覆盖区，缓冲区和集电区相邻，覆盖区和发射区相邻；其中，所述覆盖区和缓冲区具有N型杂质。本发明还公开了一种锗硅异质结三极管器件结构的制造方法。本发明的锗硅异质结三极管器件结构及其制造方法能实现更高特征频率(如100GHz以上)的同时，能精确控制CB结和EB结的位置，实现了EB结反向耐压的可调，能精确控制锗硅异质结三极管基区宽度，消除基区P型离子扩散所对基区宽度的影响，提高工艺稳定性。