本发明提供一种多抗霉素残渣生产有机肥的方法，所述方法包括步骤：（1）将多抗霉素发酵液用板框过滤后得到含水量60-70%的块状多抗霉素残渣，（2）将所述块状多抗霉素残渣于压力容器中进行高温高压处理，处理温度120-160℃，饱和蒸汽压0.100MPa-0.520MPa，处理时间为5-30min，（3）将步骤（2）处理后的所述残渣加入磷酸二氢钾和载体，搅拌均匀，（4）将步骤（3）得到的混合物中加入硼砂调节pH值为5.5—8.0,（5）将步骤（4）处理得到的混合物进行干燥，得到有机肥。本发明针对多抗霉素发酵液过滤后的残渣，用高温高压处理使多抗霉素残留量为零，操作简单，处理时间短，生产成本低；有机质含量高达63%，此外，还富含矿物质和其它植物生长刺激物质；达到了无公害化的目的，且蛔虫卵死亡率、大肠菌值和其它重金属含量均在合格范围内，可以安全地使用于作物；并且本发明生产的有机肥肥效显著。