本发明公开了一种酸奶发酵剂的生产方法，包括以下步骤：活化菌株、种子液罐发酵、发酵罐发酵、布袋过滤、冷冻干燥、与辅料混合使菌数为1*1010～5*1010个/g，即得酸奶发酵剂。本发明的酸奶发酵剂生产方法利用改良的发酵培养基培养菌种，并严格控制发酵过程中的pH值，使用传统的布袋过滤法代替离心机等机器分离菌液，避免机器带来的破坏酸奶产品口味的问题，保证了纯天然口味，使酸奶产品口感和风味等性能更好；除了奶粉精华外，还含有双歧杆菌各种代谢物和部分双歧杆菌，用冷冻干燥所得的固体与辅料混合，增加了奶粉所含的各种营养物质和双歧菌的各种代谢产物，提高了纯双歧菌对各种菌的抑制作用。