本发明公开了一种N3-邻甲苯甲酰基尿嘧啶纳米混悬液及其冻干制剂，属于医药生物技术领域，其制备方法为：(1)将表面活性剂分散于水溶液中形成溶液A；(2)将N3-邻甲苯甲酰基尿嘧啶分散于溶液A中，形成混悬液B；(3)将混悬液B高速剪切，形成初乳C；(4)将初乳C用高压乳匀机均质，即得N3-邻甲苯甲酰基尿嘧啶纳米混悬液；(5)向纳米混悬液中加入冻干保护剂，过滤除菌，冷冻干燥去除水分，即得N3-邻甲苯甲酰基尿嘧啶纳米混悬液的冻干制剂。本发明所制备的纳米混悬液质量外观均一，平均粒径在50～200nm，溶出速率高，在具体应用时可以制成注射剂，也可以制成口服制剂，如片剂、胶囊剂等。