二维色谱多通道分离纯化装置及方法，属于化工领域，本发明为解决传统色谱分离纯化技术中上样量少、柱填充物消耗大、洗脱时间长、洗脱剂用量多以及分离纯化的单体目标产物低的问题。本发明装置包括中央分配器、物料罐、流动相罐、固定相罐、压力泵、检测器和n个色谱柱，方法为：步骤一、并联模式，将固定相罐中的分离纯化介质通过压力泵填充至每个色谱柱中；步骤二、串联模式，物料罐中的物料通过压力泵吸附在第一、二个色谱柱中；步骤三、进行串联洗脱，将流动相罐中的流动相通过压力泵在n个色谱柱中循环，步骤四、进行并联洗脱，将流动相罐中的流动相通过压力泵在每个色谱柱中从上至下冲洗，分段收集每个色谱柱的洗脱液，完成二维色谱分离。