本发明提供一种烤烟GC/MS指纹图谱的建立方法，经过待测液制备、烤烟GC/MS指纹图谱的获得、GC/MS指纹图谱共有峰数据库的建立，对烤烟指纹图谱共有峰数据库进行聚类分析，从而判定烟草品质级别。本发明能客观的反应烤烟的内在品质，取代传统的人工评吸和普通化学测定方法。不仅降低评吸人员的工作强度，还使烟草品质的评价更具科学性，对提高烤烟生产的经济效益具有重要意义。本发明的特征是，针对烤烟的致香成分，采用超纯水体系同时蒸馏萃取方法提取、GC/MS检测，获得基线分离好、特征峰多、峰响应度高的GC/MS指纹图谱。本发明的核心是将建立的烤烟GC/MS指纹图谱及其配套分析技术应用于烤烟品质分级、产地识别和配方打叶中的烟叶质量控制。