本发明公开一种水稻育秧有机复合土的制作方法，该方法具体操作步骤如下：原辅材料的收集处理、原料配方选择、有机物料堆制发酵、添加辅料等。该有机复合土含水量≤50%，干基有机质≥40%，干基总养分2.2-2.8%，pH5.5-7，EC≤3，粒度≤5mm。本发明以蘑菇下脚料等有机废弃物为原料，养分全面；该方法采用有益微生物先发酵有机物料，再添加辅助物料的方法，效果特别好；该基质以有机废弃物代替传统的营养土，可以避免采集大田地表土，有效保护耕地，有利于农业可持续发展。该方法制作的有机复合土十分适合水稻育秧，能够促进秧苗健壮生长，可以在全国各地推广应用。