本发明提供一种烟草HPLC指纹图谱数据库的建立方法，经过烤烟成分提取、HPLC指纹图谱分析，得到烤烟原始指纹图谱数据库，通过计算机编程技术，将烤烟原始指纹图谱数据库转换成烤烟指纹图谱分时数据库，采用主成份分析法对烤烟指纹图谱分时数据库进行分析，以达到对不同品质的烟叶进行分类的目的。本发明能客观的描述烤烟指纹图谱的信息特征，更科学地反映烟草的内在品质，能取代传统的人工评吸及普通化学测定等方法在烤烟品质判定实际中应用，对于提高烟草品质评价的科学性及提高烤烟生产经济效益具有重要意义。本发明的特征是，利用指纹图谱分时软件建立烤烟指纹图谱的分时数据库，通过主成份－聚类分析方法建立烤烟质量分类体系。本发明还公开了这一方法在烤烟品质分级、打叶配方及品牌识别中的应用。