本发明公开了一种微米级粒子高通量分选的微流控器件及其制作方法，器件上分选基片和功能基片顺序堆垛，样品入口和主分选流道连通，分岔流道的端部分别与分选出口、样品出口和主分选流道连通，每层分选基片的样品出口与下一层分选基片的样品入口堆叠封接。制作时对每层分选基片上的各个微流道通过微加工技术制成；在每层分选基片上打出的通孔作为粒子的入口；通过对准标记和键合技术实现分选基片的堆垛；键合后的分选基片上打出通孔作为粒子的出口；将功能基片和封装后的多层分选基片键合封装。本发明的微流道结构通过提高注入样品的流速，突破传统微流控芯片中低雷诺数的观念，利用微流体惯性效应来实现微米级生物粒子的高通量、连续流尺寸分选。