本发明公开了一种降解处理含氰废水的处理系统及其处理方法，该系统包括由输送管道依次相连通的综合调节池、电化学反应装置、混凝沉淀池、深度破氰装置和二次混凝沉淀池，综合调节池中设有进水口，二次混凝沉淀池中设有排出口。本发明的处理方法包括以下步骤：先将含氰废水pH值调至碱性；然后进行电化学反应破氰；再输送至混凝沉淀池中，经pH值调节、絮凝剂沉淀后，泥水分离；利用深度破氰装置中产生的二氧化氯对泥水分离后的上清液进行深度破氰处理；最后经二次混凝沉淀、泥水分离后，上清液达标外排。本发明处理系统结构简单、成本低、自动化程度高、易操作，对含氰废水的降解处理效果好。