本发明公开了一种阻燃抗菌涤纶短纤维及其生产工艺，所述阻燃抗菌涤纶短纤维由涤纶原丝浸渍和多角度喷洒阻燃抗菌水乳液烘干后制得，所述阻燃抗菌水乳液为高尔斯顿Lurol PS-9985油剂、高尔斯顿Lurol AM-7抗菌剂和三蒸水混合后制得的水乳液；所述生产工艺采用再生PET料为原料，依次经过前处理、转鼓干燥、熔融纺丝、冷却成型、卷绕、牵伸、卷曲、上油、切断、热定型后得到成品，其中转鼓干燥9.5h-10.5h，熔融纺丝中螺杆挤压机的螺杆和纺丝箱箱体温度均为265℃-275℃；总牵伸倍数为3.5-4.0倍，热定型温度为140℃-150℃，热定型时间为8min-12min。本发明的生产工艺可节约成本，有利于环保，阻燃和抗菌处理可同时进行，简化步骤，制得的成品同时具有优良的抗菌和阻燃性能，且效果持久。