本发明公开了一种文件防插拔写入方法及系统，该方法包括：智能卡上电，系统启动，查询状态机状态，通过状态机的不同状态进行数据恢复、数据写入、备份区数据写入、目标区域写入等过程完成防插拔写入。该系统包括：数据写入单元、数据恢复单元、状态机设计单元和文件备份区设计单元。本发明具有高度的独立性，可应用于各种同类型写入场景，对其他模块的正常工作不造成影响，易于实现且通过在临时区进行数据组合，减少了写入次数，提高了写入效率，同时通过优化状态机，减少了状态机跳转，提高了方法的执行效率。