本发明公开了一种防水透湿抗菌复合织物的制备方法，其采用两层织物和一层共混膜经层压的方法制得，关键技术在于共混膜的制备。将季铵盐壳聚糖与水性聚氨酯进行共混，制备HACC/WPU共混薄膜，再将其与织物层压后可制得具有较好防水透湿及抗菌三效合一的功能性织物。本发明防水透湿抗菌复合织物的制备方法，通过高分子共混改性，将季铵盐壳聚糖具有的较好的抗菌性能引入防水透湿织物中，使防水透湿织物的功能多样化，提升了产品的档次，使其可以用于特殊的应用领域，例如：医用防护服、手术布、床罩、尿布等方面。