本发明公开了一种1,4-二氧-2-(1-羟乙基)-3-羟甲基-喹噁啉及其制备方法和应用。所述1,4-二氧-2-(1-羟乙基)-3-羟甲基-喹噁啉具有如式（Ⅰ）所示结构。所述产物（Ⅰ）的制备方法是以乙酰甲喹为原料，通过还原得到1,4-二氧-3-甲基-2-（1-羟乙基）喹噁啉；然后与乙酸酐、吡啶混合反应得1,4-二氧-3-甲基-2-（1-羟乙基）喹噁啉；将所得产物与乙酸酐反应，得到1-氧-2-(1-乙氧羰基氧乙基)-3-(1-乙氧羰基氧甲基)-喹噁啉；然后氧化，得到1,4-二氧-2-(1-乙氧羰基氧乙基)-3-(1-乙氧羰基氧甲基)-喹噁啉；最后通过碱液的水解作用，最终得到产物（Ⅰ）。所述的产物（Ⅰ）可以作为乙酰甲喹在靶动物体内代谢的残留标示物或是作为在动物源性食品中检测乙酰甲喹残留的标准品或对照品。（Ⅰ）。