本发明公开了一种MODIS地表反射率数据的预处理方法及系统，所述方法包括以下步骤：S1：获取原始输入的遥感数据；S2：对所述原始输入的遥感数据进行缺失数据检测；S3：对所述原始输入的遥感数据进行云、雪初步检测；S4：得到的云和雪数据作为训练样本，对所有数据检测，标识异常数据；S5：对原始输入的遥感数据进行时空滤波与插值。所述系统包括分别用于实现上述步骤的：数据输入模块、数据缺失检测模块、云雪检测模块、异常数据检测模块以及时空滤波与插值模块。本发明通过对地表反射率数据中缺失和异常数据进行处理，可以生成长时间序列、时空连续一致的地表反射率数据，提高了后续应用和遥感反演的精度。