一种电能表料箱不满箱装箱系统及方法，该系统包括：料箱识别装置，管理控制器、PLC、滚筒输送线、料箱移载机及料箱升降机；管理控制器与料箱识别装置及PLC交互信息；料箱识别装置识别不满箱料箱的条形码信息并上传到管理控制器；PLC驱动滚筒输送线、料箱移载机及料箱升降机；滚筒输送线输送或挡停不满箱料箱；料箱移载机包括第一料箱移载机及第二料箱移载机，以将不满箱料箱移入或移出不满箱缓存区；料箱升降机包括第一料箱升降机及第二料箱升降机，第一料箱升降机将上层滚筒输送线上的不满箱料箱降到下层滚筒输送线，第二料箱升降机将下层滚筒输送线上的不满箱料箱抬升到下层滚筒输送线上的补表位进行补表。