本发明公开了一种功能化离子液体修饰的脂肪酶及其修饰方法。将含羧基的功能化离子液体、NHS与EDC·HCL按1∶1∶1-3的摩尔比溶于MES，在室温条件下反应1-2h进行活化，将活化后的功能化离子液体与脂肪酶按摩尔比200-1000∶1在0-4℃混合反应2-8h；或者将含氨基的功能化离子液体、NHS、EDC·HCL与脂肪酶按摩尔比100-300∶1∶1-3∶1溶于MES，在0-4℃混合反应3-10h，即得所述的功能化离子液体修饰的脂肪酶。本发明在脂肪酶表面分别引入带有氨基或羧基的功能化离子液体，通过与脂肪酶分子氨基酸残基发生共价结合，影响了酶活性中心的空间结构，强化了脂肪酶的催化性能。