本发明是一种冻土区油气管道竖向位移自动监测方法和系统。在管沟外侧设置长期稳定监测基准点；在管体上设置多个监测点；在基准点和管体监测点各固定渗压计；所有渗压计通过液体连通管连接到液罐；固定于基准点渗压计测量基准点渗压计所在位置的液体压力，监测点渗压计测量监测点渗压计所在高程的液体压力，计算基准点与监测点之间的高程差；当管道发生沉降或向上隆起时，新的高程差通过测量液体压力计算获得，从而计算出管道高程变化；通过渗压计定期测量基准点与各监测点的液体压力，即可获得各监测点管道的高程变化。本发明适用于大落差地区、大量程、自动监测的冻土区油气管道竖向位移自动监测。