本发明涉及卫星时钟的校准，公开了一种卫星时钟的校准系统及其校准方法，该校准系统包括卫星时钟源、卫星测控系统、卫星载荷系统、地面测控站、地面应用站、时钟误差拟合服务器。该校准方法包括：1、编制卫星程控作业表上注卫星；2、执行程控作业；3、生成载荷数据；4、下传载荷数据；5、解析载荷数据计算当时UTC时间；6、进行时钟数据拟合，给出星上时间与UTC时间的对应关系。本发明解决了以往一味提高星上时钟源的精度，使星上时钟系统、控制系统的设计复杂化，而实际工作精度改善效果不大的问题，用大系统闭环反馈的方法，经济、可靠的实现了卫星工作精度的提高。