本发明提供了一种采用微生物驱油技术水基提取油砂中沥青油的方法，属于油砂分离技术领域。该方法采用微生物驱油技术，对油砂在水基提取前进行微生物细菌培养处理，通过微生物细菌对油砂中沥青油中的某些大分子物质的选择性作用来影响油砂的物理化学性质，有效提高了沥青油的回收率，改善了沥青油的品质，解决了油砂矿，尤其是高电解质、高粘土含量的油砂矿或者风化油砂矿等难处理矿的沥青油分离回收问题。实践证明，采用本发明的方法水基提取油砂中沥青油，回收率高达98%，在油砂分离提取的工业生产中具有良好的应用前景。