本发明公开了一种沼液灌溉防堵系统及方法，属于沼液灌溉领域。该系统将沼液和清水的供给分为两条支路，实现了沼液和清水的混合灌溉以及两者的单独灌溉，并且采用土壤水分检测装置、控制器，针对农作物实际的水分和肥料需求量，对沼液和清水的供应量、混合比例分别进行控制，实现了对农作物科学、自动化地灌溉。此外，在灌溉结束后并未同时结束清水供应，而是采用清水对沼液灌区管网进行清洗，清除沼液灌区管网中残留的沼液有机成分，从而避免了沼液中微生物在沼液灌区管网中繁殖生长对沼液灌区管网的堵塞现象。