本发明涉及雨生红球藻的规模化培养中污染防控方法及装置，其方法主要包括①、将雨生红球藻置于一级光生物反应器中培养出的雨生红球藻游动细胞；②、将雨生红球藻游动细胞转入二级光生物反应器，加入胁迫培养基；③、二级光生物反应器中10％以上的雨生红球藻游动细胞转化为不动细胞后，将进入虾青素积累阶段的雨生红球藻孢子细胞藻液的温度控制在10～22℃培养；④、培养7～12天后，收获的雨生红球藻孢子壶菌感染率在1％以下。其装置主要是利用工厂烟气的余热提供能量，为雨生红球藻藻液温度降低的温控装置，不仅节省了燃料费用，提高了经济效益，增强了企业竞争力，而且大大减少了废气、有害气体的排放，保护环境。