本发明公开了一种磁性酶纳米凝胶颗粒及其制备方法。该磁性酶纳米凝胶颗粒为核壳结构，其核心为表面吸附酶分子的磁性纳米粒子，酶分子与磁性纳米粒子以静电力相互作用；外壳为交联的高分子材料层；核壳之间通过化学键连接。制备方法如下：先在磁性纳米粒子表面通过化学修饰引入氨基、碳碳双键、羧基等基团，然后通过调节溶液pI得到酶-粒子的纳米级复合材料，最后以乙烯基单体为原料，通过自由基聚合得到。该方法具有简单温和、便于纯化、易于工业实施放大的特点。本发明的磁性酶纳米凝胶颗粒具有生物催化活性高、热稳定性强、便于循环利用的特点，在有机合成、食品工业、洗涤剂工业、能源工业、生物医药、传感器等领域具有广泛的应用前景。