本发明公开了一种水动力条件下水下气泡收集装置与水下气泡通量监测方法，收集装置的倒置漏斗敞口部通过绳子连接有配重吊坠；倒置漏斗顶部设有管状连接头，管状连接头通过导气软管与集气瓶进气管连接；浮标通过绳子连接在倒置漏斗的外表面，集气瓶与浮标固定在一起。监测时，先将气泡收集装置安放于水体中，浮标浮于水面并系在水面锚绳上，水面锚绳的一端固定于岸边，另一端固定于航道浮标或对岸；再进行气体的收集，最后在计算气泡释放通量时考虑倒置漏斗的倾斜角θ即可。本发明方便作业、采样误差小，适宜于在天然水体复杂水动力条件下（大幅度水位涨落或水中有明显流速）的水下气泡收集和通量监测。