本发明提供一种铁路客运专线车站联锁机的控制方法、设备和系统。其中铁路客运专线车站联锁机的控制方法包括：操作机接收车站联锁机发送的携带有车站号的非常站控模式控制请求，并对其直接发送控制命令；操作机将携带有车站号的响应报文发送给自律机，用于通知自律机车站号对应的车站联锁机目前处于非常站控模式控制。通过本发明提供的铁路客运专线车站联锁机的控制方法、设备和系统，实现了以车站为单位对相应的信号设备进行控制和显示，当某站故障时，可以单站转为非常站控模式控制，降低对整个区域的影响，提高了工作效率，更好的实现了对列车的自动化调度、调整和管理，从而减轻调度员和值班员的工作强度，优化客运专线运行效率。