本发明涉及一种活细胞激光扫描共聚焦显微成像系统，其特征在于：包括激光扫描共聚焦显微镜和荧光信号采集装置，所述荧光信号采集装置包含培养皿以及设置于培养皿内的会聚透镜和反射式窄带滤光片；所述培养皿的底部设置有用于放置待测细胞的培养皿底板；所述会聚透镜经透镜夹持架固定于培养皿上，所述培养皿底板上的待测细胞位于会聚透镜的焦平面上；所述反射式窄带滤光片位于会聚透镜的正上方；所述激光扫描共聚焦显微镜的物镜位于培养皿底板的正下方。本发明结构紧凑、精度高，能有效提高激光扫描共聚焦显微镜的荧光信号采集效率、降低了光毒性和光漂白程度，为获得可靠的实验结果提供一种技术手段。