本发明公开了一种基于ATM设备的U盘授权方法及系统，所述方法包括：预先采集U盘硬件信息，指定能够访问的目标设备信息、授权有效期信息，生成U盘指纹信息；并对所述U盘指纹信息采用U盘签名私钥进行签名操作，生成签名后的U盘指纹文件，发送到指定的ATM设备的监控程序中；当所述U盘插入ATM设备后，通过所述ATM设备监控驱动程序获取当前插入U盘的硬件信息以及该U盘指纹信息，并使用U盘签名公钥验证该插入的U盘是否合法，当合法则允许进行正常操作，如果非法则禁止当前U盘操作，同时向服务端报警。其可以快速度对U盘实现授权，并使ATM设备根据所授权信息安全准确地识别插接的U盘，以防止非法U盘操作，提高了安全性。