一种导航卫星星间链路天线绝对时延标定系统，包括基准频率源、星间链路发射机、星间链路接收机、时间间隔计数器、控制和处理计算机、衰减器、矢量网络分析仪以及至少三个待标定星间链路天线。待标定星间链路天线相互两两配对，与星间链路发射机、星间链路接收机、衰减器以及之间的电缆组成收发链路。时间间隔计数器测量星间链路发射机和星间链路接收机各自产生的秒信号之间的时间差。控制和处理计算机读取星间链路接收机和时间间隔计数器的测量值，通过数据处理后得到各待标定星间链路天线的绝对时延。本发明的标定系统采用与星间链路传输信号体制一致的测试信号，测试结果能反映真实的星间链路信号传输时延，具有较高的测量精度。