本发明公开了属于电力系统继电保护领域的适用于特高压调压变压器保护的二次谐波涌流闭锁方法。它包括以下步骤：1)求出A相、B相和C相的电流基波有效值IdA、IdB和IdC；2)分别检测IdA、IdB和IdC是否大于Iset，Iset为电流保护动作整定值；3)针对两相或三相涌流二次谐波含量的不同情况，采用新判据进行故障判断；4)输出判断结果。本发明的有益效果为：本发明在绝大多数情况下能够正确区分励磁涌流和内部故障情况。利用三取二闭锁方式以及特征参数δ，在故障和涌流易混淆的情况下能做出正确的判断，避免调压变差动保护在主变压器空载合闸时发生误动作。