本发明公开了一种磁控电抗器控制器及其方法，它包括控制器模块，所述控制器模块为DSP+ARM架构，所述DSP与ARM通过双口RAM连接，控制器模块与模拟量模块(1)和电信号输出单元分别连接；所述模拟量模块包括AD芯片，所述AD芯片与外部电网上设有的电压采集装置连接，所述控制器模块还与上位机通讯，所述控制器模块、电信号输出单元分别与电源处理模块连接；所述电信号输出单元与磁控电抗器中的脉冲变压器连接。本发明的有益效果：能够快速准确检测电网的无功和电压参数；能够自动检测并适应变电站运行状态(并列、分列、解列)；能够根据控制目标(无功或电压)，采取相应的控制策略，进行准确控制。