公开了多相开关变换器及其控制器和控制方法。该控制器包括：比较电路，耦接至多个开关电路的输出端，基于参考信号和输出电压产生比较信号；以及控制电路，耦接至比较电路以接收比较信号，根据比较信号产生多个控制信号，以控制多个开关电路依次导通；其中在当前开关电路的导通时长大于第一时间阈值与第二时间阈值之差时，控制电路在距当前开关电路被导通的时间达到第一时间阈值后方可根据比较信号将下一相开关电路导通；在当前开关电路的导通时长小于第一时间阈值与第二时间阈值之差时，控制电路在当前开关电路的关断时长达到第二时间阈值后方可根据比较信号将下一相开关电路导通，其中第一时间阈值大于第二时间阈值。