本发明公开了来自辣椒疫霉的多聚半乳糖醛酸酶PCIPG20及其编码基因与应用。本发明所提供的多聚半乳糖醛酸酶PCIPG20，是如下a）或b）或c）的蛋白质：a）由序列表中序列2第20-360位所示的氨基酸序列组成的蛋白质；b）由序列表中序列2所示的氨基酸序列组成的蛋白质；c）将序列表中序列2所示的氨基酸序列或序列2第20-360位所示的氨基酸序列经过一个或几个氨基酸残基的取代和/或缺失和/或添加且具有多聚半乳糖醛酸酶活性的由a）衍生的蛋白质。多聚半乳糖醛酸酶PCIPG20具有较高的多聚半乳糖醛酸酶和果胶酶活性，其多聚半乳糖醛酸酶的比活力达42±0.2U/mg蛋白，其果胶酶的比活力达22±0.2U/mg蛋白。