一种高速公路多路径识别标识站设置方法，包括如下步骤：第一步，收集路网资料；第二步，标注路网资料；第三步，分析基本环路经营管理单位构成；第四步，排除三角形基本环路；第五步，竞争性路径分析；第六步，标识站设置位置分析。本发明在具有竞争性路径的基本环路上，采用“对边设置标识站”的设置原则，使得通行费的拆分方案更加可靠、更为合理；使得没有标识信息的多路径通行费的拆分更趋合理；能够满足多路径通行费可靠拆分条件下的经济设置方案。