本发明公开了一种功能性电刺激表面肌电信号的滤波方法，属于利用电脉冲刺激帮助残疾人康复的器械技术领域，本发明构造滤波器的FES模板信号r(n)，通过遗传算法优化自适应匹配滤波的系数，最终输出滤波器关键参数，继而实现自适应滤波的同时，能够智能优化参数，使用整定后的滤波器，进行肌电滤噪处理，得到了比较纯净的肌电信息，从而为截瘫等瘫痪患者的功能性电刺激下肌肉的状态研究提供一定的指导和控制；该项发明可有效地提高FES下肌电滤噪效果，可为截瘫等瘫痪患者的功能性电刺激下肌肉的状态研究提供一定的指导和控制，并获得可观的社会效益和经济效益。