基于丛枝菌根真菌的复合型水稻专用生物肥料的制备及其应用，它涉及生物肥料的制备及其应用。它为了解决目前水稻在水生条件不能被丛枝菌根真菌侵染，难以有效形成共生，致使水稻不能从丛枝菌根菌-作共生系统获得矿质营养的问题。方法：定殖强化物的制备；丛枝菌根真菌菌剂的预处理；将处理好的丛枝菌根真菌菌剂、水稻壮秧剂和定殖强化物混匀。应用：制成秧床；培养菌根苗；管理稻田。本发明使水稻在秧期能够建立高侵染率、性能稳定的丛枝菌根菌-作共生系统，且该共生系统能够顺利渡过移栽后的本田水淹环境，有效解决水淹胁迫带来的生物菌剂活性损失问题，持续为水稻提供矿质营养，改善水稻的生长状况，减少本田中化肥的施用量，可有效降低水稻生产的成本。