本发明公开一种电力变压器绕组匝间短路故障诊断方法，包括如下步骤：（1）在变压器稳定运行时，根据一定的采样频率和采样时间对变压器的振动信息进行采样，同一情况下进行不少于3次采样；（2）在采样数据中，根据采样时间、采样频率、采样点数，整周期截取变压器振动信号；（3）对截取的振动信号进行小波降噪，再进行傅立叶频谱分析；（4）求出故障信号的100Hz、200Hz、300Hz分量幅值；（5）计算振动信号的（200+300）/100Hz幅值之比，以此作为CR1，并将100Hz的值作为CR2，并分别与故障阈值对比，进行故障诊断。此种诊断方法易于实现，并可准确诊断短路故障。本发明还公开一种应用前述诊断方法的电力变压器绕组匝间短路故障诊断系统。