本发明涉及一种提高经颅多普勒信号信噪比的方法及系统，其系统包括：按照电信号顺序依次连接的信号采集单元、信号预处理单元、信号处理单元及输出单元；所述信号采集单元用于采集人体经颅信号，并将该经颅信号转换为电信号，同时对该电信号进行滤波处理；所述信号预处理单元将该电信号传输至多个通道，并对每个通道的信号进行放大处理及模数转换处理；所述信号处理单元用于对多个通道的信号进行叠加处理及数字解调处理；所述输出单元将信号输出及显示。本发明提供一种提高经颅多普勒信号信噪比的方法及系统，可以提高前端信号的信噪比，减少白噪声的干扰，解决了经颅多普勒图像质量不高，灵敏度不够的问题。