本发明公开了一种火电机组凝结水精处理系统的旁路系统及控制方法，属于常规火电机组中压凝结水精处理系统领域。包括：二级前置过滤单元旁路、二级高速混床单元旁路及相关管路、控制阀门，所述二级前置过滤单元旁路和二级高速混床单元旁路通过旁路管路串联在一起，旁路管路跨接在凝结水精处理系统的凝结水进口母管路、出口母管路上；所述进口母管路、支管路及出口母管路上设置有管路A自动阀、管路B自动阀及管路C自动阀。当凝结水精处理系统工况异常或管路、控制阀门需要隔离检修时，通过旁路系统给凝结水提供通路。本发明旁路系统简单，控制功能完善，通过增设的管路自动阀门可快速隔离或启动整套凝结水精处理系统，方便运行管理及检修维护。