本发明公开了一种高光谱遥感器飞行中光谱定标方法，该光谱定标方法在高光谱遥感器飞行中正常工作状态下，以太阳夫琅禾费线和大气特征吸收线为标准参照光谱，通过等效光谱反射率ρ*(λ)与经过低通滤波的等效光谱反射率的匹配实现中心波长偏移量和光谱带宽的确定。本发明的光谱定标过程不依赖地物光谱反射率的测量，减小了遥感器辐射定标不确定度带来的影响；本发明的光谱定标算法通过查找表的方法实现，提高了程序的执行效率；本发明光谱定标方法可实现机载或星载高光谱遥感器飞行中以及野外地物光谱辐射计小于0.2nm的光谱定标，在高光谱遥感中有重要的意义。