本发明公开一种基于双边功率流控制的无线电能传输系统及其控制方法，其系统包括电源、原边变换电路、原边谐振电路、副边谐振电路、副边变换电路以及负载电路，其特征在于：原边电路设置有原边电流过零检测模块、原边控制逻辑电路以及原边驱动电路；副边电路设置有副边电流过零检测模块、副边控制逻辑电路以及副边驱动电路，在负载电路上还连接有比较器。其显著效果是：通过原边和副边分别设置的逻辑控制电路，根据负载电路反馈的误差信息实时控制系统中的功率流向，从而实现功率流快速调整，改善系统的动态响应，减小了系统谐振网络的能量，提高了能量的利用效率。