本发明提供了一种H型阵列离子阱的设计，包括左离子阱、右离子阱和中心离子阱，所述左离子阱、所述右离子阱和所述中心离子阱分别由X平行电极对、Y平行电极对和Z平行电极对构成矩形离子阱；所述左离子阱、右离子阱和中心离子阱构成H型阵列；所述左离子阱和右离子阱平行设置，所述左离子阱的X平行电极对和所述右离子阱的X平行电极对相对；所述中心离子阱设置在所述左离子阱和右离子阱之间，所述中心离子阱的Z平行电极对分别和所述左离子阱的X平行电极对和所述右离子阱的X平行电极对相对。本发明提供了一种在H型阵列离子阱中进行离子-离子反应的方法。通过本发明能有效的减少离子在传输过程中的损耗，保证离子在离子阱间传输时的可靠性。