本发明涉及脉冲识别技术领域，本发明公开了一种有效相关峰脉冲序列的判定方法及系统，其具体包含以下步骤：对每次接收到的脉冲数据分别计算各脉冲之间的时间间隔抖动；根据标准相关峰脉冲序列的位置和公差范围计算标准相关峰各个脉冲之间的时间间隔；比较判定实际接收到的脉冲是否是相关峰脉冲序列；根据接收到的相关峰脉冲序列计算各个脉冲之间的时间间隔抖动；根据接收到的脉冲数据计算得到的相关峰脉冲序列各个脉冲之间的时间间隔抖动和实际接收到的脉冲计算的各个脉冲之间的时间间隔抖动比较，判定是否是有效的相关峰脉冲。此方法及系统应用到敌我识别系统中，准确识别出报文的相关峰，使得后续的报文识别内容更加准确，速度更加快捷。