本发明提供一种时钟同步处理方法、装置以及通信系统，其中时钟同步处理方法包括：获取系统日时间信息；根据系统日时间信息和特定系统帧信息生成与特定系统帧对应的空口日时间信息，该与特定系统帧对应的空口日时间信息用于在长期演进回程基站和长期演进回程用户设备间传递系统日时间信息；向长期演进回程用户设备发送包括与特定系统帧对应的空口日时间信息的空口消息。本发明实施例还提供了相应的装置，以及包括上述装置的通信系统。本发明实施例提供的上述技术方案能够实现在使用LTE作基站回程的情况下，为远端基站提供高精度的系统日时间信息，实现时钟同步。